Những người theo thuyết sáng tạo tân thời thường chống đối thuyết tiến hóa vì cho rằng nó không gắn liền với các tiêu chuẩn khoa học thông thường—nghĩa là không đáng tin về mặt khoa học. Họ cũng phản đối rằng môn sinh học tiến hóa không tuân theo phương pháp khoa học, và do đó không nên dạy trong các lớp khoa học, hay ít nhất là phải dạy song song với các quan điểm khác (tức thuyết sáng tạo). Những cuộc chống đối này thường xuyên đả phá bản chất cơ bản của thuyết tiến hóa và phương pháp khoa học.

Bản chất tôn giáo

Thuyết tiến hóa thường bị những người theo thuyết sáng tạo tranh cãi vì lý do "thuyết tiến hóa là tôn giáo; nó không phải là khoa học".[50] Mục đích của việc chỉ trích là nhằm hạ thấp uy tín cao hơn của các nhà sinh học khi tranh luận với những người theo thuyết sáng tạo, và để biến hóa cuộc tranh luận từ giữa khoa học (thuyết tiến hóa) và tôn giáo (thuyết sáng tạo) thành giữa hai tín ngưỡng tôn giáo ngang nhau - hay thậm chí là tranh cãi rằng thuyết tiến hóa mang tính tôn giáo còn Thiết kế thông minh thì không.[51][52] Các cuộc chống đối đó thường hay gọi những người ủng hộ thuyết tiến hóa là "những tên tiến hóa" hay "những tên Darwin".[50]

Các lý lẽ xem thuyết tiến hóa là tôn giáo khá giống với các lý lẽ dùng trong phương pháp so sánh: thuyết tiến hóa và tôn giáo có một hay nhiều điểm chung và do đó thuyết tiến hóa cũng là một tôn giáo. Ví dụ cho các lý lẽ này là các phát biểu cho rằng thuyết tiến hóa dựa trên tín ngưỡng, những người ủng hộ thuyết tiến hóa tôn sùng Darwin như nhà tiên tri, tin mù quáng, bỏ ngoài tai những ý kiến khác.[39][53] Các tuyên bố này đã lan rộng ra trong những năm gần đây khi phong trào của những người theo thuyết sáng tạo tân thời tìm cách tách biệt chính mình khỏi tôn giáo để có thể lợi dụng một phương pháp so sánh chống tôn giáo.[45]

Để đáp trả, những người ủng hộ thuyết tiến hóa phản ứng rằng chưa có phát biểu của bất kỳ nhà khoa học nào, bao gồm cả Darwin, được xem là thiêng liêng bất khả xâm phạm bởi vì chính giả thuyết của Darwin cũng từng bị các nhà khoa học bác bỏ và hiệu chỉnh lại qua nhiều năm để hình thành nên Học thuyết Darwin mới và sau đó là thuyết tổng hợp tiến hóa hiện đại[54][55] Tương tự, phát biểu nói rằng thuyết tiến hóa là niềm tin và chưa từng được quan sát thấy cũng bị bác bỏ; thuyết tiến hóa có chứng cứ ủng hộ mạnh mẽ mà không cần đến niềm tin.

Nói tóm lại, luận cứ xem thuyết tiến hóa là tôn giáo đã bị bác bỏ bởi vì tôn giáo không được định nghĩa bằng mức độ cuồng tín, mà bằng niềm tin vào tâm linh và sự siêu nhiên. Những người ủng hộ thuyết tiến hóa đã chỉ ra được rằng thuyết tiến hóa không cuồng tín cũng không dựa trên niềm tin, đồng thời cáo buộc những người theo thuyết sáng tạo đã cố tình gây lập lờ tôn giáo theo định nghĩa chính xác và theo cách dùng trong văn nói để ám chỉ đến những thứ dính líu với cuồng tín. Các tòa án Hoa Kỳ cũng đã bác bỏ chống đối này:

Giả sử theo như mục đích của cuộc tranh cãi, rằng thuyết tiến hóa là một tôn giáo hay giáo lý tôn giáo, thì biện pháp thi hành sẽ là chấm dứt việc dạy thuyết tiến hóa, không thành lập thêm một tôn giáo khác để chống lại biện pháp đó. Tuy nhiên, theo như án lệ đã có rõ ràng trước đó, và có thể trong cả ý nghĩa thông thường, thuyết tiến hóa không phải là một tôn giáo và việc dạy thuyết tiến hóa không vi hiến theo Điều Khoản Thành Lập.[56]

Liên quan đến một tuyên bố khác rằng thuyết tiến hóa là vô thần, những người ủng hộ thuyết sáng tạo cũng thường gộp chung cả hai tuyên bố để miêu tả thuyết tiến hóa là một "tôn giáo vô thần" (xem so với chủ nghĩa nhân văn).[52] Luận điểm chống đối này thường bị tổng quát hóa thành một lời chỉ trích: "khoa học là một tôn giáo vô thần" vì chủ nghĩa tự nhiên theo phương pháp luận chưa được chứng minh, và do đó cũng "dựa trên niềm tin" giống như siêu nhiên và niềm tin vào thần thánh trong thuyết sáng tạo.[57]

Không thể chứng minh là sai

Một phát biểu được xem là có khả năng bị chứng minh là sai nếu có một quan sát hay một cuộc kiểm tra cho thấy phát biểu đó là sai. Các cuộc khảo sát khoa học không xem xét các phát biểu không có khả năng bị chứng minh là sai bởi vì không có phương pháp kiểm tra nào có thể thẩm định được độ chính xác của chúng. Những người theo thuyết sáng tạo như Henry M. Morris đã tuyên bố rằng thuyết tiến hóa không có khả năng bị chứng minh là sai. Họ nói rằng bất kỳ quan sát nào cũng đều lý giải được theo tư tưởng tiến hóa, do đó không thể cho thấy được thuyết tiến hóa là sai. Và do vậy, họ tuyên bố thuyết tiến hóa là phi khoa học.[58][59]

Tuy nhiên, các nhà khoa học đều cho rằng thuyết tiến hóa có khả năng bị chứng minh là sai, bởi vì nếu các tiên đoán đưa ra mà mâu thuẫn với chứng cứ thì sẽ chứng minh được thuyết tiến hóa là sai. Có thể tồn tại một số loại chứng cứ có khả năng chứng minh thuyết tiến hóa là sai, chẳng hạn như dữ liệu hóa thạch không cho thấy sự biến đổi theo thời gian, hay cơ chế ngăn chặn đột biến tích lũy, hay các quan sát cho thấy các loài sinh vật có thể được tạo ra bằng cách tự sinh hay bằng một cách siêu nhiên.[58] Khi khoa học về tiến hóa phát triển, nhiều tư tưởng và nhận định của Darwin đã được chứng minh là sai nhưng đồng thời các tư tưởng trọng tâm cũng được xác nhận là đúng.[60] Hơn thế nữa, hầu hết các tuyên bố vô căn cứ của thuyết sáng tạo đều cho rằng thuyết tiến hóa đã bị chứng minh là sai.[58] Ngược lại, cách giải thích của những người theo thuyết sáng tạo liên quan đến sự can thiệp trực tiếp của siêu nhiên vào thế giới tự nhiên mới là không có khả năng bị chứng minh là sai, bởi vì bất kỳ kết quả nghiên cứu hay thí nghiệm nào cũng có thể là hành vi không thể đoán trước được của một vị thần toàn năng.[61]

Vào năm 1976, nhà triết học Karl Popper phát biểu rằng "Học thuyết Darwin không phải là một giả thuyết khoa học có thể kiểm chứng được, mà nó là một chương trình nghiên cứu về siêu hình học".[62] Tuy nhiên, sau đó ông đã rút lại lời nói và đưa ra một quan điểm khác hơn một chút:

Tuy vậy, khó kiểm tra được thuyết chọn lọc tự nhiên, đóng góp quan trọng nhất của Darwin trong thuyết tiến hóa. Trong một số cuộc kiểm tra, bao gồm cả thực nghiệm kiểm tra, và trong một số trường hợp, chẳng hạn như 'chứng nhiễm hắc tố do công nghiệp', bằng mắt thường chúng ta có thể quan sát thấy chọn lọc tự nhiên rõ ràng đang diễn ra, tương tự như nó đã từng. Nhưng, rất khó thực hiện các cuộc kiểm tra thật sự khắt khe, khó hơn nhiều so với các cuộc kiểm tra các giả thuyết khác trong vật lý học và hóa học.[63][64]

Bằng chứng rõ ràng nhất cho thấy thuyết tiến hóa có khả năng bị chứng minh là sai là nguyên văn của Charles Darwin viết trong chương 6 cuốn Nguồn gốc các loài: "Nếu ai đó chứng minh được rằng có một bộ phận cơ thể phức tạp mà không được hình thành bởi vô số các biến đổi nhỏ liên tiếp nhau, thì lý thuyết của tôi sẽ sụp đổ hoàn toàn."[65]

Để trả lời cho những chỉ trích về tính không có khả năng bị chứng minh là sai của thuyết tiến hóa, vô số các cách chứng minh thuyết tiến hóa là sai đã được đề xuất[40]. J.B.S. Haldane, khi được hỏi rằng bằng chứng nào có thể bác bỏ được thuyết tiến hóa, đã trả lời là "hóa thạch thỏ thời kỳ tiền Cambri".[66][67] Trong một ví dụ khác, một giả thuyết đã được đặt ra để tìm hiểu tại sao loài người có ít hơn một cặp nhiễm sắc thể so với các loài khác trong cùng họ người. Giả thuyết này liên quan đến câu hỏi liệu đó là do sự hợp nhất hay tách rời các cặp nhiễm sắc thể của một loài tổ tiên chung. Cuối cùng, vào năm 2005, giả thuyết hợp nhất đã được xác nhận là đúng bởi phát hiện rằng nhiễm sắc thể số 2 của loài người giống với sự hợp nhất của hai nhiễm sắc thể mà hiện nay vẫn còn tách rời trong các loài linh trưởng khác. Hơn nữa, các đoạn telomeres và centromeres không có chức năng còn sót lại trong nhiễm sắc thể số 2 của loài người chính là kết quả của sự hợp nhất đó.[68] Sự khẳng định về tổ tiên chung đã cũng có thể bị bác bỏ khi kỹ thuật phân tích ADN xuất hiện. Nếu là đúng, ADN của loài người phải rất giống với loài tinh tinh và các loài thuộc họ người, chứ không phải là giống với các loài động vật có vú khác. Nếu kết quả ngược lại, tổ tiên chung sẽ bị chứng minh là sai. Phân tích ADN đã cho thấy rằng loài người và tinh tinh có chung một phần lớn ADN (khoảng từ 95% đến 99.4% tùy thuộc vào phương pháp đo đạc).[69] Hơn nữa, sự tiến hóa của loài tinh tinh và loài người từ một tổ tiên chung cũng giúp tiên đoán một loài tổ tiên chung gần nhất (về mặt địa chất học). Vô số hóa thạch cho thấy sự chuyển biến đã được tìm thấy cho đến nay.[70] Và như vậy, sự tiến hóa của loài người đã vượt qua được nhiều cuộc kiểm tra về khả năng bị chứng minh là sai.

Một tuyên bố liên quan cho rằng chọn lọc tự nhiên là lặp dư thừa.[63] Tức là, nó nói rằng cụm từ "sự sống sót của loài thích nghi nhất" là cách lặp lại dư thừa, bởi vì sự thích nghi được định nghĩa là khả năng sống sót và sinh sản. Tuy nhiên, Herbert Spencer là người đầu tiên sử dụng cụm từ này vào năm 1864 và các nhà sinh học rất hiếm khi dùng. Bên cạnh đó, sự thích nghi được định nghĩa chính xác hơn phải là trạng thái sở hữu các đặc tính giúp sống sót nhiều hơn; chứ không phải đơn thuần là "khả năng sống sót". Định nghĩa này giúp nó tránh bị chứng minh là đúng tầm thường.[71][72]